方以智曾說，“我得以坐集千古之智”（《通雅》卷首之一），作為十七世紀(jì)中國最杰出的學(xué)者之一，他在自然科學(xué)和哲學(xué)上的成就，在于全面總結(jié)了中國的古代科學(xué)文化，亦融合了西方的新思想新成就。他所處的時代，是世界歷史發(fā)生重要轉(zhuǎn)折的時期，西方國家正處于從文藝復(fù)興向啟蒙運動的過渡階段，近代科學(xué)的發(fā)展引起了西方一系列的巨變。在中國，也到了一個“天崩地解”的大轉(zhuǎn)變時期，傳統(tǒng)文化既在解體，也在自我重組，自我完善。在中國思想史上，那是一個堪與春秋戰(zhàn)國之際相媲美的異常活躍的時代，理學(xué)和王學(xué)的相互沖擊相互碰撞與自我批判自我否定，經(jīng)世致用的實學(xué)和啟蒙思想的產(chǎn)生，學(xué)術(shù)研究的范圍從儒家經(jīng)典擴大到了自然科學(xué)、社會科學(xué)和思想文化各領(lǐng)域。以自然科學(xué)而言，中國古代科技史上的顛峰之作，李時珍的本草綱目，徐光啟的農(nóng)政全書，宋應(yīng)星的天工開物，徐霞客的徐霞客游記，在短時期內(nèi)集中產(chǎn)生了，中國的自然科學(xué)到了新的爆發(fā)點。中國社會走到了一個新的十字路口，處在由傳統(tǒng)社會向近現(xiàn)代社會過渡的關(guān)鍵時期，無論是在政治經(jīng)濟領(lǐng)域還是在思想文化領(lǐng)域，舊的傳統(tǒng)的思想觀念與新的先進的價值理念在激烈的沖擊和碰撞，社會面臨著一系列令人矚目的價值沖突和社會轉(zhuǎn)向。但是，很遺憾，中國社會的新的轉(zhuǎn)型因為滿清的入主中原而嘎然而止了。 （對于明末清初時期通常的“資本主義萌芽”的說法我比較反感，這只注重生產(chǎn)和資本關(guān)系，有貼標(biāo)簽的嫌疑。事實上晚明的社會轉(zhuǎn)型是全方位的，英國人Craig Clunas以為明中晚期是中國現(xiàn)代化的早期，我以為更確切。Craig Clunas，Superfluous Things：Material Culture and Social Status in Early Modern China，Cambridge：Polity Press，1991）
方以智的曾祖父方學(xué)漸講學(xué)于桐城，是王陽明心學(xué)在東南地區(qū)的重要傳人，與江浙的王派傳人顧憲成、劉宗周、黃道舟等人并峙。作為王陽明的三傳弟子，顧憲成對于王學(xué)的空談心性已經(jīng)相當(dāng)反感，企圖進行撥亂反正，但他的努力，主要還是在于道德方面的，即王夫之所說的“東林會講，人但知為儲皇羽翼，不知其當(dāng)新學(xué)邪說橫行之日，砥柱狂瀾，為斯道衛(wèi)之尤烈也”（王夫之《搔首問》）。但其時程朱理學(xué)也已經(jīng)破綻百出，東林黨人的由王返朱，不免有些茫然。方學(xué)漸則走得更遠，他“究良知而歸實”，公然主張“崇實”（葉燦《方明善先生行狀》），開明末崇尚務(wù)實的風(fēng)氣。方以智的祖父方大鎮(zhèn)、父親方孔炤均回歸到程朱的道路，重視“格物致知”，強調(diào)實證主義，兩人都擅長天文學(xué)。方孔炤曾從意大利籍傳教士熊三拔（Sabbathin de Ursis）學(xué)習(xí)近代科學(xué)，他的《崇禎歷書約》是明末重要的天文著作。方以智成為集大成者，達到了中國科學(xué)史上前所未有的高度。而方以智之子方中通是中國歷史上有數(shù)的數(shù)學(xué)家，著有《數(shù)度衍》。