耶穌會(huì)士傳到中國(guó)的西學(xué)新舊并陳，其中既有宣傳天主教教義的一類陳詞濫調(diào)，也有歐幾里德幾何學(xué)和托勒密、第谷天文學(xué)等科學(xué)知識(shí)。在明代中國(guó)傳統(tǒng)數(shù)學(xué)大部失傳，傳統(tǒng)天文歷法之學(xué)停滯不前的前提下，耶穌會(huì)士傳到中國(guó)的西方歷算之學(xué)，盡管遠(yuǎn)非西方的最新水平，但已比明代學(xué)者掌握的中國(guó)歷算之學(xué)先進(jìn)得多。它適應(yīng)了明末改歷的迫切需要，因而受到一些思想比較開(kāi)通的中國(guó)學(xué)者的歡迎。然而明末朝廷在使用西法改歷的問(wèn)題上一再躊躇，拖延頗久，后來(lái)雖然由徐光啟、湯若望（Jean Adam Schall von Bell, 1591-1666）、羅雅谷（Jacques Rho, 1590 -1638）等人編譯成《崇禎歷書(shū)》，但直至明亡亦未能頒行。問(wèn)題的關(guān)鍵所在就是用西法改歷有違于“嚴(yán)夷夏之防”的正統(tǒng)思想。在這種形勢(shì)下，上述中西學(xué)術(shù)吻合說(shuō)和“禮失求野”之論，其用心就是在名義上尊用中學(xué)的前提下，在中學(xué)與西學(xué)之間建立某種聯(lián)系，縮小中西學(xué)術(shù)的隔閡，使西學(xué)不至于被保守學(xué)者目為異學(xué)，以避“用夷變夏”之嫌。這是后來(lái)所謂“西學(xué)中源”說(shuō)的重要的思想前提，但還沒(méi)有論及中西學(xué)術(shù)的源流關(guān)系，所以還不是“西學(xué)中源”說(shuō)。如熊明遇繼其“天子失官，學(xué)在四夷”之論后又說(shuō)：“古未歐邏巴通中夏，通中夏自今上（萬(wàn)歷皇帝——引者）御歷。”這就取消了中西學(xué)術(shù)交流的可能性，更談不上有什么源與流關(guān)系了。
然而，“西學(xué)中源”說(shuō)卻正是沿著中西心同理同的吻合說(shuō)和“天子失官，學(xué)在四夷”這樣的思路發(fā)展而來(lái)的。正是熊明遇，稍后就轉(zhuǎn)而倡論“西學(xué)中源”說(shuō)。熊明遇字良孺，江西進(jìn)賢人，萬(wàn)歷二十九年（1601）進(jìn)士。熊氏好西學(xué)，他與意大利籍耶穌會(huì)士熊三拔（Sabbathin de Ursis, 1575-1620）等交游，于萬(wàn)歷年間著《則草》一書(shū)，后改訂為《格致草》，以西法論天地、動(dòng)植物等自然現(xiàn)象，約刻于崇禎末年。他在《格致草》自序中說(shuō)：“上古之時(shí)，六符不失其官，重黎氏敘天地而別其分主。其后三苗復(fù)九黎之亂德，重黎子孫竄乎西域，故今天官之學(xué)，裔土有耑門(mén)�！保ㄗ⑹┰谶@里，熊明遇把西方天文學(xué)的源頭追溯到中國(guó)上古的夏商時(shí)代。他的結(jié)論是從《國(guó)語(yǔ)·楚語(yǔ)》中的一段文字附會(huì)而來(lái)的（注十四）。他從中西吻合說(shuō)進(jìn)而推斷西方天文學(xué)是從中國(guó)上古傳去的。這是筆者所見(jiàn)“西學(xué)中源”說(shuō)的最早的一例。
方以智之子方中通（1633-1698）又繼承和發(fā)展了其父的上述思想。方中通著有《數(shù)度衍》（1661年）一書(shū)，進(jìn)一步指出“句股出于河圖，加減乘除出于洛書(shū)”（注二二）。在這部數(shù)學(xué)著作中，方中通也對(duì)“西學(xué)中源”說(shuō)作了進(jìn)一步的闡述。該書(shū)“凡例”有云：“西學(xué)精矣，中土失傳耳。今以西學(xué)歸《九章》，以《九章》歸《周髀》……”方中通的友人，同時(shí)又是方以智的弟子的吳云序《數(shù)度衍》也稱：“歐邏之?dāng)?shù)得自吾周公而往也。此吾方小衍氏近從西學(xué)穆氏（指穆尼閣Jean Nicolas Smogulecki, 1611-1656）而后歸焉�！保ㄗ⒍�